La Subdirección de Gestión Ambiental implementa políticas y programas relacionados con el manejo, monitoreo, uso y aprovechamiento sostenible de los recursos naturales. En la elaboración, ejecución y seguimiento de convenios y contratos, se enfoca temas relacionados con la gestión integral del recurso hídrico, el saneamiento ambiental, la prevención y control de la contaminación del aire, la gestión integral de residuos y desechos peligrosos, la producción y el consumo sostenible en la jurisdicción de la Corporación. Además, lidera el Laboratorio Ambiental, que presta sus servicios a usuarios internos y externos, el cual está acreditado por el IDEAM en 169 variables para determinación en ensayos aguas.